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有機(jī)肥料堆肥的發(fā)酵過(guò)程一般需要45-60天。這是因?yàn)槎逊食跗诘纳郎仉A段和高溫階段會(huì)殺死植物病原菌、蟲(chóng)卵、雜草種子等有害微生物，但這一過(guò)程中微生物的主要作用是代謝和繁殖，只產(chǎn)生少量代謝產(chǎn)物，這些代謝物不穩(wěn)定，不易被植物吸收。在冷卻后期，微生物會(huì)腐殖有機(jī)物，產(chǎn)生大量有利于植物生長(zhǎng)和吸收的代謝物。這個(gè)過(guò)程需要45-60天。
通過(guò)這個(gè)過(guò)程堆肥可以達(dá)到三個(gè)目的：第一，無(wú)害化；二是腐殖化；第三，它產(chǎn)生大量微生物代謝產(chǎn)物，如各種抗生素、蛋白質(zhì)等。
加熱階段、高溫階段、冷卻階段、成熟和保溫階段
有機(jī)堆肥的發(fā)酵過(guò)程簡(jiǎn)單，可分為以下四個(gè)階段
加熱階段
在堆肥的早期階段，堆肥中的微生物主要是中溫菌和好氧菌，最常見(jiàn)的是無(wú)孢子菌、孢子菌和霉菌。它們啟動(dòng)有機(jī)肥堆肥發(fā)酵過(guò)程，在有氧條件下劇烈分解易分解的有機(jī)物（如單糖、淀粉、蛋白質(zhì)等），產(chǎn)生大量熱量，并不斷將堆肥溫度從約20℃提高到40℃，稱為加熱階段或中溫階段。
高溫階段
隨著溫度的升高，嗜熱微生物逐漸取代中溫物種并發(fā)揮主導(dǎo)作用。氣溫持續(xù)上升，一般在幾天內(nèi)達(dá)到50℃以上，進(jìn)入高溫階段。
在高溫階段，嗜熱放線菌和嗜熱真菌成為主要物種。它們強(qiáng)烈分解堆肥中的復(fù)雜有機(jī)物（如纖維素、半纖維素、果膠等），蓄熱，堆肥溫度上升到60-70℃，甚至高達(dá)80℃。
大多數(shù)嗜熱微生物也大量死亡或進(jìn)入休眠狀態(tài)（超過(guò)20天），這對(duì)加速堆肥的成熟起著重要的作用。不當(dāng)堆肥的高溫期很短，或者根本達(dá)不到高溫，所以堆肥速度很慢，半年或半年以上都達(dá)不到半成熟狀態(tài)。
