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商品有機(jī)肥：不要使用以城市垃圾和污泥等為原料、或重金屬超標(biāo)以及未經(jīng)高溫或無害化處理的劣質(zhì)有機(jī)肥。
糞肥：需要經(jīng)過發(fā)酵腐熟后施用，同時(shí)應(yīng)根據(jù)土質(zhì)等情況，選擇性施用，如黏性土應(yīng)施用有機(jī)質(zhì)含量高而礦質(zhì)元素含量少的糞肥，如羊糞、牛糞等。
廄肥：同樣要腐熟，新鮮廄肥含難分解的纖維素、木質(zhì)素等，碳氮比較大，而氮大部分呈有機(jī)態(tài)，如直接用新鮮廄肥，會因微生物分解過程中吸收土壤養(yǎng)分和水分而與作物爭肥。
餅肥：作追肥要腐熟后才能使用，直接施用要將餅肥充份粉碎后開溝施入，并稍離根系，以免發(fā)酵時(shí)發(fā)熱灼傷根系。
綠肥：主要注意綠肥的品種特性、播種時(shí)間、翻壓時(shí)期等，還有一點(diǎn)是綠肥可是需要適當(dāng)施肥的，以達(dá)到小肥養(yǎng)大肥的效果。
此外，在施用有機(jī)肥時(shí)還應(yīng)注意與無機(jī)肥、生物菌肥等的配合使用，以滿足作物對營養(yǎng)的需求。在土壤問題嚴(yán)重及作物關(guān)健生長期，可配合使用微生物功能菌劑來壯大根系，改良土壤，增強(qiáng)作物營養(yǎng)。
雖然有機(jī)肥好處佷多，但也不可過量使用。過量使用有機(jī)肥會導(dǎo)致以下情況發(fā)生：燒苗、土壤中磷、鉀等養(yǎng)分大量集聚，造成土壤養(yǎng)分不平衡；土壤中硝酸根離子集聚，致使作物硝酸根鹽超標(biāo)，土壤溶液濃度高，不利于根系吸水等。
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