好氧堆肥是在有氧的條件下，借好氧微生物(主要是好氧茵)的作用來進(jìn)行的。

在堆肥過程中，生活廢物中的溶解性有機(jī)物質(zhì)透過微生物的細(xì)胞壁和細(xì)胞膜而為微生物所吸收，固體的和膠體的有機(jī)物吸附著在微生物體外，微生物所分泌的胞外酶分解為溶解性物質(zhì)高溫階段。 當(dāng)堆肥溫度升到45度以上時(shí)，發(fā)酵進(jìn)入高溫階段。在這階段，嗜溫性微生物受到抑制甚至死亡，嗜熱性微小物逐漸代替了嗜溫性微生物的活動(dòng)，堆肥中殘留的和新形成的可溶性有機(jī)物質(zhì)。有機(jī)物繼續(xù)分解轉(zhuǎn)化，復(fù)雜的有機(jī)化合物如半纖維素、纖維素和蛋白質(zhì)等開始被強(qiáng)烈分解。通常，在50度左右進(jìn)行活動(dòng)的主要是嗜熱性真菌和放線菌。溫度上升到60度時(shí)，真菌幾乎完全停止活動(dòng)，僅有嗜熱性放線菌與細(xì)菌在活動(dòng)；溫度達(dá)到70以以上時(shí)，對(duì)大多數(shù)嗜熱性微生物己不適宜，微生物大量死亡或進(jìn)入休眠狀態(tài)。

腐熟階段在內(nèi)源呼吸時(shí)期，只剩下部分較難分解及難分解的有機(jī)物和新形成的腐殖質(zhì)，此時(shí)微生物活性下降，發(fā)熱量減少、溫度下降。在此階段嗜溫微生物又占優(yōu)勢(shì)，對(duì)殘余較難分解的有機(jī)物作進(jìn)一步分解，腐殖質(zhì)不斷增多且穩(wěn)定化，此時(shí)堆肥即進(jìn)入腐熟階段。降溫后，需氧量大大減少。含水量也降低，堆肥物空隙增大，氧擴(kuò)散能力增強(qiáng)，此時(shí)只須自然通風(fēng)。