生物有機肥料的特殊作用是依靠具體特殊功效功能微生物菌種的“特殊功能”來實現(xiàn)的，而這種特殊功能主要表現(xiàn)在以下幾個方面：促進(jìn)植物生長、修復(fù)土壤、降解農(nóng)藥等。

一、促進(jìn)植物生長作用主要通過功能菌在植物根部定植、生活并發(fā)揮作用。這種作用是通過功能菌產(chǎn)生促進(jìn)植物生長的物質(zhì)體現(xiàn)。

二、提高植物防病抗病能力，改良土壤、培肥，當(dāng)有機肥施入土壤后，有機質(zhì)能有效的改良土壤理化狀況和微生物特性，熟化土壤增強土壤的保肥抗旱能力，為作物的生長提供了充足的養(yǎng)分，疏松的土壤為作物的生長創(chuàng)造了良好的條件。

三、提高肥料的利用率，有機肥含有養(yǎng)分但相對含量較少，釋放緩慢，而化學(xué)肥單位養(yǎng)分含量高，成分少，釋放快。兩者合理配合施用，相互補充，有機質(zhì)分解產(chǎn)生的有機酸還促進(jìn)土壤和化學(xué)肥中礦物質(zhì)養(yǎng)分的溶解。有機肥與化學(xué)肥相互促進(jìn)，有利于作物吸收，提高肥料的利用率。

四、保水抗旱、土壤修復(fù)、降解農(nóng)藥等功能。