微生物菌種菌劑有很多種分類，按微生物菌種菌劑中特定的微生物大致可以分為細(xì)菌、放線菌（比如抗生菌）、真菌（如菌根真菌類）、固氮藍(lán)藻菌等。當(dāng)然，還可以按微生物菌種菌劑的作用機(jī)理等進(jìn)行分類。

微生物菌種菌劑是一種含有活微生物的特定制品，以微生物生命活動(dòng)的過程和產(chǎn)物來改善作物營(yíng)養(yǎng)件，發(fā)揮土壤潛在肥力，刺激作物生長(zhǎng)發(fā)育，抵抗各種病蟲害，從而提高作物產(chǎn)量和品質(zhì)。它并不像一般的肥料那樣，可以直接給作物提供養(yǎng)料物質(zhì)。

1、按微生物菌種菌劑制品內(nèi)含物可分為單純的微生物菌劑和復(fù)合(或復(fù)混)微生物菌劑等.例如,鶴壁人元生物微生物菌劑屬于真菌菌劑,固氮類菌劑和復(fù)合微生物菌劑。

2、按微生物菌種菌劑制品中特定的微生物種類分為細(xì)菌菌劑、放線菌菌劑(如抗生菌類)、真菌菌劑(如菌根真菌類)、固氮藍(lán)藻菌劑等；

3、按微生物菌種菌劑作用機(jī)理分為根瘤菌類菌劑、固氮菌類菌劑、解磷菌類菌劑、解鉀菌類菌劑；

從宏觀角度來分析,微生物菌劑的作用主要是與營(yíng)養(yǎng)元素的來源和有效性有關(guān),或與作物吸收營(yíng)養(yǎng)、水分和抗病有關(guān),總的來說以下幾個(gè)方面：

1、增進(jìn)土壤肥力：這是微生物菌劑的主要功效，可以改善土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，增強(qiáng)土壤的物理性能和保護(hù)植物根免受病原微生物的入侵和土壤顆粒的損失。
2、制造和協(xié)助農(nóng)作物吸收營(yíng)養(yǎng)。

3、增強(qiáng)植物抗病和抗旱能力。

微生物菌種菌劑在作物生長(zhǎng)所需的養(yǎng)分有著舉足輕重的地位，不僅為作物提供了生長(zhǎng)所需的各種養(yǎng)分，微生物菌種菌劑也起到了抵抗病蟲害的作用。