生物有機肥具有增進土壤肥力、活化土壤中難溶的化合物供作物吸收的作用，可產(chǎn)生活性物質(zhì)和抗、抑作物病害的物質(zhì)，對農(nóng)作物的生產(chǎn)有良好的刺激與調(diào)控作用，可減少或降低作物病蟲害的發(fā)生，以及改善農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)等方面的作用。

生物有機肥總體屬于有機肥一類，使用方法與數(shù)量基本與有機肥相同。

但在使用上與有機肥相比還需注意以下幾點：
（1）生物有機肥不能與農(nóng)藥混用，防止農(nóng)藥殺死肥料中活的微生物。
（2）生物有機肥保存期不能超6個月，否則活的微生物會死亡一部分，降低了肥料的功效。
（3）避免貯藏在高溫的環(huán)境當中；避免陽光直曬，以免紫外線殺死肥料中的微生物。