有機肥菌種，即生物有機肥的菌種，把有機固體廢物（包括有機垃圾、秸稈、畜禽糞便、淤泥、糟渣、餅粕、農副產品和食品加工產生的固體廢物）經(jīng)發(fā)酵、除臭和完全腐熟后加工而成的有機肥料。

生物有機肥的種類：農家肥：堆肥，沼渣等。
商品生物有機肥：商品化生產的生物有機肥。即農家肥商品化生產后的產物。

微生物有機肥：用微生物菌劑做功能菌的生物有機肥，如菌堅強菌種復配的有機肥.