土壤增施有機肥雖然好處多多，但由于有的農(nóng)戶施用不當，造成養(yǎng)分流失，甚至出現(xiàn)農(nóng)作物中毒、燒苗、僵苗、降效等現(xiàn)象，不能發(fā)揮其應有的作用。
    未腐熟使用。如豬牛欄肥等廄肥，以及人糞尿未經(jīng)發(fā)酵腐熟，直接施施入土壤，這些未腐熟的有機肥在土壤中經(jīng)微生物分解發(fā)酵產(chǎn)生的氨易引起農(nóng)作物中毒、燒根等，有的還會滋生雜草和傳播病蟲害。各地要推廣在田邊、地頭建糞池（凼）發(fā)酵的做法。堆肥漚制要通過加水、壓實或翻動、添加含氮量高的肥料，來調(diào)節(jié)空氣、溫度、濕度和碳氮比，促進有機肥快速腐熟。
    過于集中施用或施用濃度過大。這是旱地施肥比較普遍存在的問題。1998年新邵縣嚴塘鎮(zhèn)湖城村農(nóng)民試種巴西稻時，把豬牛糞集中放入根蔸上。由于土壤持水量小，根周圍肥料濃度過大，根系下扎觸及肥堆，肥凼，引起旱稻生理失水，造成死苗，同時還加劇了地下害蟲的危害。而未施豬牛欄糞的旱稻則安然無恙。這是因為肥料濃度過大致使旱稻吸不到水而萎蔫，或失水死苗。正確的方法是：欄肥作底肥，均勻地翻拌于土壤中，做到肥與土融為一體。
    曬干施用或施于土表。農(nóng)村比較盛行將豬牛欄糞曬干后施用，或把豬牛糞施在旱土土表上，這是不對的。因為糞肥長期日曬雨淋，氮素損失殆盡，速效磷鉀也流失大半，而且污染了環(huán)境。施入土壤的農(nóng)家肥要翻埋在表土之下或加蓋土壤，防止養(yǎng)分流失，也便于根系吸收。
    用肥量過大或碳氮比失調(diào)。豬牛欄糞、秸稈、綠肥，其纖維素（即碳素）含量多，氮素含量少。因此這些肥料施用量過大，易引起農(nóng)作物前期缺氮造成僵苗不發(fā)。有機肥施用過多，氮素就會相對不夠，微生物繁殖速度慢，肥料分解少，釋放的氮素不足，而且還要與農(nóng)作物爭奪土壤中的有效氮，造成作物前期缺氮而生長較差。因此，作物施用有機肥不是越多越好。一般每畝施欄肥1000-1500公斤，或作物秸稈還田應控制在本田秸稈的1/3-1/2，或干秸桿200-300公斤，或綠肥1000公斤，并加入適量的碳銨或尿素，調(diào)節(jié)碳氮比，滿足微生物的需要。